سیدمصطفی محقق داماد در یادداشتی در روزنامه اطلاعات نوشت: حضرت آیت‌الله العظمی حاج آقا موسی شبیری زنجانی دامت برکاته یکی از شایستگان مرجعیت تقلید در زمان حاضر می‌باشند.
وی مردی نه فقیه، بلکه تندیس فقاهت که مبانی و قواعد فقاهت را از اساتید نامدار این دانش دریافته و با نبوغ و هوش و ذکاوت خدادادی، همگی را در دست دارد. در رشته‌های دیگر دانش اسلامی از قبیل: علم اصول، تاریخ اسلام و تاریخ تمدن اسلامی، تفسیر قرآن، رجال و حدیث درایه ادبیات عرب و ادبیات فارسی صاحب‌نظر است.
نگارنده که در تاریخ نگارش این سطور، دهه هشتاد عمرش را طی می‌کند، به خاطر دارد که طلبه جوانی بود و به علت رفت و آمد معظم له در منزل استادش از نزدیک با او آشنا بود. یکی از استوانه‌های تقوا و فقاهت (مرحوم حاج آقا مرتضی حائری یزدی) در باره ایشان شنید که می‌گوید: «آقا موسی، علّامه است». این تعبیر در آن روز (نه امروز) برای نگارنده چنان اعجاب آور بود که هرگز فراموش نمی‌کند.
افزون بر همه مقامات علمی، از نظر اخلاقی، ایشان کم گوی و گزیده‌گوی است. در نقل مطالب دقیق‌النظر است. و همواره برای عدم تحریف تاریخ معاصر با وسواس تمام بدون هر گونه گزافه و اضافه و کم و کاست نقل می‌کند. با عموم مردم مهربان و متواضع است. حضوری جذاب دارد.
ارباب خرد تصدیق دارند که یکی از نقاط ممتاز جامعه شیعی، وجود نهاد مرجعیت است. آنچه در زمان ما از گروههای افراطی به نام مسلمان دیده شده و می‌شود کلاً نتیجه فقدان این نهاد در آن جوامع و یا انحراف از آن است. اینان دست به کارهایی می‌زنند که بشریت از آن ننگ دارد.
بنا به مراتب، به یقین، تضعیف مرجعیت شیعه از رهگذر هر گونه اقدام از سوی هر صاحب منصب و پست و مقامی، نه به صلاح دین است و نه به صلاح دنیای ملت. هر چند که جای نگرانی نیست؛ زیرا:
عزیز مصر به رغم برادران غیور
زقعر چاه برآمد به اوج ماه رسید
نگارنده هر چند بر این باور است که جایگاه رهبری بالاتر از آن است که هر کس برای تثبیت مواضع فکری خود از آن مقام معظم خرج کند، ولی به رغم این باور اجازه فرمائید این جمله را به سمع خوانندگان برساند. نگارنده این سطور در تعظیم و تکریم مقام علمی و اخلاقی علاّمه شبیری از مقام معظم رهبری، جملاتی کم نظیر به گوش خود شنیده است که رساننده عظمت والای آن بزرگوار در نظر معظم‌له و نشانه حق‌شناسی و زرشناسی ایشان است.
