موضوع اشکال تناقض و ناسازگاری منطقی به قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران که قبلاً مطرح شد توسط برخی علما و فقیهان بعدی نیز به بیانها وزبانهای مختلف گفته ونوشته شد. از جمله آنکه در سنوات بعد مرحوم آیت الله دکتر مهدی حایری یزدی نیز درکتاب حکمت وحکومت  که قبلا به آن اشاره کردیم اخرین فصل کتاب را «معمای لاینحل جمهوری اسلامی» عنوان داد و در آن فصل جمهوری اسلامی را حاوی تناقض منطقی دانست. بدین شرح:

« این معما بدین قرار است: با صرف نظر از پیامدها و توالی فاسده غیر اسلامی و غیرانسانی که از آغاز جمهوری اسلامی تا هم اکنون در صحنه عمل و سیاهنامه تاریخی این رژیم نوظهور حاکم در ایران مشاهده شده بی تردید باید گفت که اساساً سیستم موجود هم در سطح تئوری و هم در مرحله قانونگذاری اساسی آن، یک سیستم متناقض و غیر منطقی و نامعقول است که به هیچ وجه امکان موجودیت و مشروعیتی برای ان متصور نیست. زیرا «جمهوری اسلامی زیر حاکمیت ولایت فقیه»، یک جمله متناقضی است که خود دلیل روشن و صریحی بر نفی و عدم معقولیّت و مشروعیت خود می­باشد. چون معنای ولایت، آن مردم حق هیچ گونه تصرفی در اموال و نفوس و امورکشورخود ندارند و همه باید جان بر کف مطیع اوامر ولی امر خود باشند و هیچ­ شخص یا نهاد، حتی مجلس شورا، را نشاید که از فرمان رهبری سرپیچی و تعدی نماید. از سوی دیگر، جمهوری که در مفهوم سیاسی و لغوی و عرفی خود جز به معنای حاکمیت مردم نیست، هر گونه حاکمیت را از سوی شخص یا اشخاص یا مقامات خاصی بکلی منتفی و نامشروع می­داند و هیچ شخص یا مقامی را جز خود مردم به عنوان حاکم بر امور خود و کشور خود نمی­پذیرد. بنابر این قضیه که: ]« حکومت ایران حکومت جمهوری » و « در حاکمیت ولایت فقیه است»[ معادل است با: ]«حکومت ایران حکومت جمهوری است» و « این چنین نیست که حکومت ایران جمهوری است»(‌حکمت وحکومت ،ص۱۱۳ و ۱۲۱)

درقطعه ای دیگر می نویسند:

«این نتیجه نامعقول تنها از نقطه نظر محاسبات منطقی و فلسفی است که رژیم جمهوری

اسلامی را این چنین بی پایه و مخدوش و حتی غیر قابل تصّور اعلام می دارد. اما به اصطلاح و در زبان فقهی و حقوقی اسلامی همین تناقض منطقی به گونه دیگری شناخته میشود. و آن این استکه فقهای اسلامی در مباحث معاملات به معنای اعم فرموده اند: هر شرطی که در یک قرارداد، یا یک معامله از هرنوع که باشد، مخالف حقیقت و ماهیت آن معامله و قرارداد خواهد بود ، بکلّی شرط و شروط از درجه اعتبار شرعی و عقلایی ساقط خواهند بود. مانند این که فروشنده خانه ای به مشتری خود بگوید: من این خانه را به تو میفروشم به شرط این که مالک خانه نشوی. و معلوم است که در این فرض، هیچ معامله ای امکان وقوع نخواهد داشت، زیرا صریحاً این بدان معنا است که: ]« من این خانه را به تو میفروشم» و « این چنین نیست که من این خانه را به تو بفروشم».( همانجا )

این اشکال بسیار پر اهمیت تلقی شد وتوسط برخی از علمای مدافع نظام جمهوری اسلامی موضع دفاعی اتخاذ شدومطالب گوناگون برخی به لسان توهین و برخی در لسان پاسخ علمی اظهار گردید . از جمله توسط آقای شیخ علی اکبر ناطق نوری از وعاظ انقلابی قبل از انقلاب و از سران قدرت در آنروز سخنی بسیار تند و اندکی توهین آمیز دریکی از تریبونها ابراز گردید.

حضرت آیت الله حاج شیخ عبدالله جوادی آملی شخصیتی نامدار در فقه وحکمت که خود یکی از اعضای مجلس خبرگان تصویب قانون اساسی بودند وبعدها به عضویت شورای عالی قضایی منصوب شدند نیز بیاناتی در رفع تناقض ابراز داشتند. ایشان کتابی تحت عنوان «ولایت فقیه ، ولایت فقاهت وعدالت» تالیف فرمودند با این قصد  که کلیه ایرادات واشکالات وارده برنظریه ولایت فقیه را پاسخ گویند. بطوری که ازمحتوای آن کتاب مشهود است مکاتباتی هم میان ایشان با مرحوم دکتر حایری رد و بدل شده است  ولی  اینکه تا چه اندازه موفق شدندبه اشکال تناقض منطقی پاسخ گویند وتناقض را حل نمایند، باید مورد داوری ارباب نظر قرارگیرد.