در نوروز ۱۳۰۱ هجری شمسی شیخ عبدالکریم حایری یزدی ( م۱۳۱۵ش ) که برای زیارت فاطمه معصومه(س) به شهر قم آمده بود  علمای ساکن قم از ایشان دعوت بعمل آوردند که در قم اقامت کند و ایشان پذیرفتند. با اقامت ایشان در آن شهر به سرعت از اطراف، طالبان علم دین برای تحصیل به آن دیار عزیمت می کنند و به زودی حوزه ای با جمعیت نسبتاً قابل توجهی تشکیل می گردد

پس از فوت شیخ مرتضی انصاری مرجعیت شیعه به یکی از شاگردان تراز اول وی جناب سید میرزا محمدحسن شیرازی می رسد. ایشان به عللی ترجیح می دهد که در شهر سامرا از شهرهای عراق، اقامت گزیند. با اقامت ایشان درسال ۱۲۹۱ قمری در سامرا حوزه سامرا که از نظر فکری دارای مکتب خاصی بود تاسیس می شود.

تفکر قدرت اندیشانه فقیهان دوره صفوی بخصوص محقق کرکی که از نظریه ولایت مطلقه فقیه سرچشمه می گرفت، تا سالها بعد آثارش باقی ماند. در طی سالهای ۱۱۸۰ تا ۱۲۶۰ سه فقیه بسیار بزرگ زندگی کرده اند که تقریباً افکارشان به یکدیگر نزدیک بوده است یکی سید محمد باقر شفتی متولد ۱۱۸۰ ومتوفی به ۱۲۶۰قمری است ودیگری ملااحمد نراقی متولد ۱۱۸۵ است. سوم سید محمد طباطبایی معرف به سید مجاهد متولد ۱۱۸۰ فرزند صاحب ریاض و نوه وحید بهبهانی است .