قبلاً گفتیم که نظریه ولایت انتصابی فقیه  بعد از محقق کرکی، نخستین بار از سوی مولی احمد معروف به فاضل نراقی از فقیهان دوره قاجاریه توجیه و نظریه پردازی شد. ایشان در کتابی تحت عنوان عوائد الایام برای اثبات این نظریه به دو دسته دلیل تمسک کرده اند: عقلی ونقلی- و به موجب آن معتقد است کلیه اختیارات پیامبر(ص) و امام معصوم برای فقیهان در زمان غیبت وجوددارد.

در نوروز ۱۳۰۱ هجری شمسی شیخ عبدالکریم حایری یزدی ( م۱۳۱۵ش ) که برای زیارت فاطمه معصومه(س) به شهر قم آمده بود  علمای ساکن قم از ایشان دعوت بعمل آوردند که در قم اقامت کند و ایشان پذیرفتند. با اقامت ایشان در آن شهر به سرعت از اطراف، طالبان علم دین برای تحصیل به آن دیار عزیمت می کنند و به زودی حوزه ای با جمعیت نسبتاً قابل توجهی تشکیل می گردد

پس از شیخ انصاری تفکر ولایت فقیه تقریباً تا چند دهه خاموش می شود و حتی می توان گفت حرکت معکوس داشته و همانطور که دیدیم میرزای شیرازی هم نه به ولایت بلکه به نظارت فقیه معتقد بوده است.

تفکر ولایت فقیه پس از دوره صفویه به دوره قاجاریه منتقل شد و در همین دوران بود که فقیه بزرگی بنام شیخ محمد حسن نجفی درسال ۱۲۰۲ قمری متولد و در نجف نزد کاشف الغطاء به تحصیل پرداخت و به مرجعیت شیعه رسید. وی به خاطر تالیف کتاب جواهرالکلام فی شرح شرایع الإسلام که یکدوره کامل فقه شیعه بود به صاحب جواهر معروف شد.

تفکر قدرت اندیشانه فقیهان دوره صفوی بخصوص محقق کرکی که از نظریه ولایت مطلقه فقیه سرچشمه می گرفت، تا سالها بعد آثارش باقی ماند. در طی سالهای ۱۱۸۰ تا ۱۲۶۰ سه فقیه بسیار بزرگ زندگی کرده اند که تقریباً افکارشان به یکدیگر نزدیک بوده است یکی سید محمد باقر شفتی متولد ۱۱۸۰ ومتوفی به ۱۲۶۰قمری است ودیگری ملااحمد نراقی متولد ۱۱۸۵ است. سوم سید محمد طباطبایی معرف به سید مجاهد متولد ۱۱۸۰ فرزند صاحب ریاض و نوه وحید بهبهانی است .