مرحوم شهید مرتضی مطهری را می توان یکی از روشنگران بنام قرن معاصر دانست. ایشان در موضوع حکومت و فلسفه سیاسی موفق به تالیفی مستقل نشدند ولی یادداشتهای متفرقی از ایشان به جای مانده که میتوان اندیشه سیاسی ایشان را بدست آورد.

با استناد به همان دلایل ولایت فقیه انتصابی که قبلا گفته شد که مورد پافشاری نراقی و امام خمینی(ره) و برخی دیگر از فقها بود، نظریه دیگری وجود دارد که معتقد است فقیه حق ولایت دارد ولی به علت تعدد فقیهان، بایستی توسط مردم یکی از آنان انتخاب شود و پس از انتخاب دارای ولایت خواهد بود.

پس از فوت شیخ عبدالکریم حایری یزدی درسال ۱۳۱۵ش، هرچند مراجع مختلفی در قم و نجف با پیروان محدودی وجود داشتند اما تا اقامت آیت الله حاج سید حسین طباطبایی بروجردی در دیماه ۱۳۲۳ش در قم مرجعیت عامه ای برای جامعه تشیع تحقق نیافت. از آن تاریخ به تدریج مرجعیت عالم تشیع متوجه ایشان شد و تا سال ۱۳۴۰ که فوت ایشان رخداد وضعیت مرجعیت عامه کاملاً روشن بود.

یکی از برجسته ­ترین چهره­های نظریه پرداز در میان علمای شیعه در قرن معاصر میرزا حسین نایینی است. ایشان در سامّرا نزد میرزای شیرازی و دیگر مجتهدان به تحصیل ادامه دادوسپس به درس آخوند خراسانی درنجف ملحق شد.

پس از فوت شیخ مرتضی انصاری مرجعیت شیعه به یکی از شاگردان تراز اول وی جناب سید میرزا محمدحسن شیرازی می رسد. ایشان به عللی ترجیح می دهد که در شهر سامرا از شهرهای عراق، اقامت گزیند. با اقامت ایشان درسال ۱۲۹۱ قمری در سامرا حوزه سامرا که از نظر فکری دارای مکتب خاصی بود تاسیس می شود.